Le roi Léopold II considérait le musée avant tout comme un outil de propagande destiné à susciter l’adhésion du peuple belge à son entreprise personnelle et à susciter des investissements. Un an plus tard, ce qui était initialement prévu comme une exposition temporaire est devenu un rendez-vous permanent dédié au Congo. Dès le départ, il a assumé un double rôle de musée et d’institut de recherche scientifique.
L’Africa Palace s’avère vite trop petit et avec l’aide de Charles Girault, l’architecte du Petit Palais à Paris, le roi Léopold lance un ambitieux programme de construction. Les plans prévoyaient un nouveau Musée du Congo avec une école internationale, un centre de conférence, une gare, des pavillons chinois et un centre sportif sur un site entièrement nouveau. Les projets ont été financés par les bénéfices du domaine royal du roi Léopold au Congo. Le roi Albert Ier, successeur du roi Léopold, inaugura le musée en 1908.
