Le dépôt de tramway qui abrite aujourd’hui le musée a ouvert ses portes à la fin du 19e siècle pour desservir la nouvelle ligne entre le parc du Jubel et Tervuren qui fut construite pour relier les deux sites de l’exposition universelle de 1897. Le site a été considérablement agrandi en 1907/08 et d’autres agrandissements au fil des ans ont fait qu’en 1952, le site de Woluwe Depot avait une superficie totale de 12 000 m².
En 1976, deux des trois halls des dépôts n’étaient plus utilisés et il a été décidé qu’ils devraient devenir un musée des transports. En 1982, la société bruxelloise des transports en commun MIVB confie la gestion du musée à un groupement à but non lucratif composé d'(anciens) salariés et de passionnés des transports.